鳥インフルエンザなどの感染症が発生した際や、自然災害後の害虫の発生などに対応するべく組織されました。近隣県で鳥インフルエンザが発生した際や東日本大震災の被災地へ出動して防除作業などを実施しました。また定期的に研修と訓練を行って、隊員の即応力の向上と維持をはかっています。
県内の住民からの電話やメールによる相談の内容は、ハチ、ネズミ、蚊、ノミ、コウモリ、シロアリ、野生哺乳類など多岐に及び、年間300件以上を数えます。また毎年6月4日「ムシの日」にちなんで、大型商業施設などにおいて無料害虫相談所を設置して相談に答えています。
地域の環境衛生意識の向上に寄与するため、有害生物などの研究者を招いて市民向けの公開講座を開催したり、専門家が小学校に出向いて特別授業を行ったりして、身近にいる害虫の生態や対策などについて解説をしてます。
行政機関の委託を受けて、港湾施設におけるヒアリの生息調査や、公園や観光施設における感染症を媒介する恐れのある蚊の生息調査などを行っています。
集客イベントにおいて新型コロナウイルスの感染を防止する対策を行うほか、感染者が使用した施設などにおいては、ウィルスの不活化をはかる消毒作業を実施しています。